2019/10/03 修改版:这篇刚发的时候,评论里有老师弥补了3个fun gene names,这次添加在了文末的表格中。时间始终在走,一月,六个月,十年,七十年,仿佛过了非常多年,感觉却仅有一瞬间,新关注的伴侣非常多,因此想着做个“旧文新看 ”,之后亦会有类似文案,欢迎各位评论,分享想法。
做为一个人的代号,名字既能够像朱元璋同样突显自我,亦能够像朱重八同样只是父母年龄叠加,基因名类似。虽然在生物科研尤其是基因项目中持续有许多新基因显现,但科研历史能够追溯到孟德尔时期的基因直到1905年才正式有了gene的术语。为了更好的科研和描述基因的功能,基因名的确定始终为人津津乐道——通常遵从先发掘先命名,由发掘者决定,之后可能由各样缘由加成确定。
此刻的基因名一般联系有些突变表型,例如基因Callipyge(双臀肌基因),在绵羊中出现突变的话,病变体臀部会变得肌肉结实,但亦有仅描述实验关联的名字,例如nBAF 45和BAF 47反映的是制品分子量的变化。另一,基因名大致能够分为四大类和十一子类。具体如图:
描述如下:
M类:知道反映基因的潜在特征,有三个子集。
M-scientific:这是一个描述内容最仔细的子类。虽然有时会显现奇怪的简写,然则本体道理一眼明了,例如荧光素酶-Luciferase(LRE),光产生器的生物成份名都有合起来是lucife的根,在拉丁语中是“光明使者”的意思,因此呢不难理解LRE。
M-literal: 用通感、比喻等文学性语言修饰基因特性。例如基因Sonic Hedgehog(SHH)编码产生Sonic hedgehog(Shh)分泌蛋白,介导脊索和底肋板之间信号传导活动,从而引起苍蝇胚胎病变,并长出类似棘刺的东西,和刺猬相像,而Sonic(竞速游戏 刺猬索尼克)做为刺猬界的大佬在这儿显现似乎合情恰当。
M-embed: 和M-literal同样会采用类文学语言,但会相对嵌上有些流行文化、历史或文学原因,例如Spock基因出现突变时斑马鱼的内耳会变成梨形,正像了星际迷航中的瓦肯星人,而强大的“混血”人Spock数年来始终为人追捧,显现这个名字是绝对的真实追星现场。
~M类:持有三个大类并且名字完全不传达基因个体本身信息,出现这种现象的原由多种多样。
~M-nr:名字与基因潜在功效无任何关联性,源自大都是生物学家们的奇思妙想。例倘若蝇的yippee基因其实是按照一个科研生对克隆这个基因的自然反应得到的。(yippee开心的意思,克隆出新基因,很高兴的事情)
~M-irrel:这个类别的名字缩写呈现难以言喻的笑果(虽然和突变特征无丝毫关系),例如上图中的基因RING(a really interesting new gene),它的结构域是锌指类型的蛋白质结构域,而许多含有RING finger的蛋白质在泛素化途径中起着相当重要的功效,起这个名的人大概觉得这真的特别有趣。(不外从另一一个方向,锌指蛋白的结构亦像一枚戒子)
~M-outside:因为外界施压重生的名字,例如POKEMON(POK Erythroid Myeloid Ontogenic factor),是一种其他癌基因诱发癌症必需的癌转换基因,然则有着Pokémon(宠物小精灵)特许经营权的任天堂不期盼与癌症关联,因此呢此刻已然变成为了没聊的Zbtb7。
T类:多基因的命名转变到其他行业
T-relation:除了保存名叫作之间的内部关系,特征关系亦经由全部系统传达出来,尤其是还经过了转换系统内指定的名叫作实现,例如Grim and Reaper(死神)两个基因相互功效时会减短苍蝇的生命周期。
T-norelation:名叫作之间的任何内部关系在应用于基因时丢失,且名字的含义仅和全部转换系统关联。
P类:P类有三个子集且和多基因命名关联,在样本规模大的生物命名法中很容易显现问题。**
P-clash:出现在属于同系物但名字相互无关系的基因间,例如基因PKD 1(人)和基因LOV-1(蠕虫)是同系物,基因类似但名叫作之间完全无关系。
P-confusion:不同基因拥有相同名叫作或一个基因有多个名字都会让人混淆,例如jolly基因(全名:肿瘤坏死因子受体亚家族,成员1B)又叫作TNFR2、TNFBR、TNFR-75kD、TNFR-80 kD、p75TNFR、p75和CD120b。
P-defunct:名字对应的功能或特征被证实不符或容易产生误导。如
对应老鼠中同一基因的BAF45和BAF47,此刻由于对制品分子量的矛盾估计已然改叫Ini 1。
经过上面的基因名归类不难发掘单基因名因为和实意联系更易产生趣味,这些归功于专家的幽默没与伦比,瞧瞧这些图能猜到对应的基因名字吗?
图1
图2
图3
图4
图5
图6
图7
图8
针对其他的fun gene names 还有着以下介绍,让咱们一块瞧瞧还有那些惊艳的基因名: Gene源自图Boss gene (Bride Of Sevenless)是果蝇复眼中R7细胞生长必要的蛋白Sevenless的配体,Boss因与其结合而得名。“夫妇”合作的结果是苍蝇视网膜上R8光受体神经元能够诱导相邻细胞并经过细胞接触呈现R7细胞命运。Brainiac(动画片Pinky and the Brain里的聪明老鼠Brain)果蝇的这条基因变异会使得脑部发达,正能够解释遗传性大头Cabernet, Chardonnay, and Riesling(红葡萄酒,白葡萄酒,干白葡萄酒中的三种品牌)斑马鱼含这三种任意基因的话,血细胞量会小于正常值且颜色亦会与酒的颜色映衬Da拟南芥中掌控植物种子和器官体积的基因。(跟我一块读:大)Dracula(吸血鬼德古拉)斑马鱼中的突变体会对光敏锐,暴露在光线下会显现几种影响皮肤和内脏器官的遗传性疾患的症状。见光死的特性类似传说中的吸血鬼图一Hamlet影响果蝇 IIB细胞后代细胞的生长,是决定了“To be or not to be‘’的基因界哈姆莱特。hu-li tai shao (hts)(跟我一块读:护理太少, too little nursing) 和果蝇卵母细胞中ring canal的形成相关,掌控或编码肌动蛋白结合蛋白的基因。Indy (I’m Not Dead Yet)其功能与Kreb cycle的中间代谢产物之运送相关,最起始的科研发掘其突变体有更长的寿命,因此呢得此名。后来又有科研不太支持这一结论Jordan element迈克尔乔丹,由于它拥有跳跃简单植物-团藻的基因组的非凡能力。Ken and Barbie(肯和芭比娃娃)该基因调节果蝇外生殖器生长,出现突变的果蝇无外生殖器,而关于芭比娃娃,只能说这想象力亦没谁了LEUNIG和 SEUSS以漫画家LEUNIG(用漫画讽刺过澳洲的儿童保育服务,作品探索精神和宗教信仰,带有必定政治色彩)和SEUSS(儿童文学作家,政治漫画家)命名的两个拟南芥基因,大概两人都对儿童发展有所影响,而这两基因恰好一起功效调节花的生长Maggie突变后生长停滞,像the Simpsons中十五年如一日的Maggie。(脑洞下倘若取名字的是日漫迷得话大概得叫“Conan”图二PENNYWISE以加州朋克摇滚乐队命名的拟南芥基因,和POUND-FOOLISH基因一起发挥功效Superman拟南芥基因,突变失活后花长出额外的雄蕊。Clark Kent是中等程度superman突变,Kryptonite控制superman的功能。在DC漫画中, superman和Clark kent都是超人,Kryptonite氪石,一种绿色结晶物质,可使超人衰弱和患病。图三Swiss Cheese突变体大脑中有洞,像瑞士奶酪!图六Tinman突变体果蝇没心脏,源自于绿野仙踪中的Tin man铁皮人,缺少心脏图四Van Gogh(梵高)出现在两个基因中的突变,突变成年果蝇的翅膀纹路两极发展且形状类漩涡,图案就像梵高的《星夜》图五Wukong, Wujin, Wuneng(跟我一块读:悟空、悟净、悟能)黄热病蚊子中的转座子元件,是微型反向重复转座元件,可能与调控基因的进化相关。hERG (the human Ether-à-go-go-Related Gene)该基因突变的果蝇在乙醚麻木处理后,它们的腿就起始颤抖,就像当时流行的威士忌摇摆舞(Whisky A Go-Go)huluwa该基因定位置于斑马鱼基因组第21号染色体,是一个母系源自的跨膜蛋白,可经过稳定β-catenin信号诱导脊椎动物胚胎背侧组织中心和体轴的形成,出现突变的斑马鱼突变体呈“葫芦”形状,是“葫芦娃”本娃没错图七MHZ基因该基因对应于水稻乙烯反应突变体“mao hu zi ”,名字大概起源于“Ma He Zhang ”(该突变体由中科院遗传生长所张劲松课题组的马彪老师摸索筛选得到),而想到“猫胡子”这般的名字,大概两位学者可能亦是MHZ(萌汉子)图八还有那些有趣的基因名字,欢迎留言讨论。
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