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肺癌
肺癌是全世界癌症关联死亡的重点原由，每年引起约180万人死亡，其中肺腺癌（LUAD）是重点的病理类型。肿瘤内微生物组是肿瘤微环境的要紧构成部分，其与宿主的相互功效对癌症的出现、发展至关要紧，因此呢肿瘤内微生物科研为癌症的诊断、筛查和治疗供给了崭新的视角。虽然“多形态微生物组”已然作为癌症的标志之一，但关于肿瘤内真菌群（mycobiome）做为活体微生物在癌症发展中的功效还知之甚少。
Cancer Cell
2023年9月21日，上海交通大学医学院王慧/刘宁宁、同济大学张鹏以及中科院巴斯德所陈昌斌课题组一起通讯在国际顶尖肿瘤学期刊Cancer Cell（IF=50.3）上发布题为“The intratumor mycobiome promotes lung cancer progression via myeloid-derived suppressor cells”的文案。
本文运用饱含真菌的DNA提取和深度宏基因组测序，发掘了肺腺癌（LUAD）病人中富集的肿瘤驻留的聚多曲霉A. sydowii。经过三种不同的同系肺癌小鼠模型，咱们发掘聚多曲霉经过IL-1b介导的骨髓控制细胞（MDSCs）的扩增和激活，控制细胞毒性T淋巴细胞的活性，并促进PD-1+ CD8+ T细胞的累积，从而形成免疫控制的肿瘤微环境促进肺肿瘤的发展。这是经过b-葡聚糖/凝集素-1/CARD9途径介导的IL-1b分泌实现的。人体样本的分析证实，富集的A. sydowii与免疫控制和病人预后不良关联。科研结果显示，肿瘤内的真菌生物群，尽管生物量较低，但会促进肺癌的发展，并且能够做为改善LUAD病人预后的潜在靶点。
实验部分
01
相比针对癌症的通常科研，本文作者关注于真菌菌群失调对癌症的影响及功效机制，并借助FISH染色技术对目的菌群进行了标记。按照科研的必须，迫切必须处理的问题，一是从宏观方向理解菌群与肿瘤之间的关系，二是从微观方向解析真菌与细胞的功效机制。为了对以上两个问题进行深度探索，作者采用了StrataQuest定量分析软件创立了精细量化的分析标准。
02
因为技术原理引起FISH染色影像结果经常会呈现的高背景、低信号状态。StrataQuest定量分析软件做为Tissue Cytometry技术数据分析层面的强大工具，针对FISH染色标记的点状荧光信号亦有其独到的分析策略：
1 首要在识别精度上，能够精细识别到高背景下的每一个信号点，对核酸片段进行计数分子；
2 其次在识别并计数的基本上，结合细胞核的定位，以及某蛋白染色的细胞质轮廓定位，在微观水平实现了核酸表达的空间定位，并可同期得到真菌及其关联细胞的功效状况数据。
这种办法亦能够用于对某些特定基因复制、转录及翻译过程的一致性定位分析，对中心法则传递性的验证是极其拥有价值的。
03
在宏观层面，Tissue Cytometry技术亦能够经过肿瘤识别，并在肿瘤周边对微环境空间位置进行自由定义，以此来分析肿瘤微环境内不同表型的单细胞的空间分布关系，经过简单的数据统计，就可得到以往必须生信分析算法才可得到的功效关系数据，例如菌群与肿瘤见的互相功效，或肿瘤微环境中不同炎性细胞的相互功效状况等。
Figure 1 A.sydowii的高丰度与免疫控制和病人预后不良相关
（A）LUAD病人临床样本的多色免疫荧光表示瘤内的A.sydowii与A.sydowii特异的FISH图像。红色，A.Sydowii；蓝色，DAPI。
（B）LUAD病人的临床样本的肿瘤内MDSCs的多色免疫荧光图像(CD11b+CD33+HLADR-)。粉色，CD11b；绿色，CD33；红色，HLADR；蓝色，DAPI。
(C)LUAD病人临床样本中的肿瘤内Tregs(FOXP3+)的多色免疫荧光图像。绿色，FOXP3；蓝色，DAPI。
(D)LUAD病人临床标本中肿瘤内PD-1+CD8+T细胞(PD-1+CD8+)的多色免疫荧光图像。绿色，CD8；红色，PD-1；蓝色，DAPI。
(E-G)LUAD病人肿瘤组织样本中A.sydowii丰度与MDSCs(E)、Tregs(F)和PD-1+CD8+T细胞(G)的关联性。
Figure 2 A.Sydowii没能够促M2巨噬细胞的免疫控制活性
（C）经过在皮下LLC小鼠模型中用D223 28S rRNA探针对真菌进行FISH染色，比较感染A.111 sydowii、烟曲霉、白色念珠菌或载体的小鼠中肿瘤内真菌的丰度。红色真菌FISH探针；蓝色，DAPI。
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发表于 2024-5-23 10:25:32
