癌症的归类全错了?美颁布“泛癌症图谱”颠覆传统认知
<img src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/goMZhNHicAGWLkIGicDKYD71afJx4DjxjUHQvwd6WR1ejxaX7NmE9I0s4jm7Mua3vOHdyH4f1ian4PhjMWswnhCvg/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;"><p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">【日前,美国国立卫生<span style="color: black;">科研</span>院首次<span style="color: black;">颁布</span>了“泛癌症图谱”,以27篇论文的形式<span style="color: black;">发布</span>在国际期刊《细胞》上。<span style="color: black;">科研</span>人员对<span style="color: black;">身患</span>33种癌症的约1.1万例<span style="color: black;">病人</span>进行了<span style="color: black;">仔细</span>的肿瘤基因测序及分析,“绘制”出了部分癌症的基因组变化图谱。该<span style="color: black;">科研</span>全面而透彻地指出了<span style="color: black;">有些</span>癌症的发病机理,颠覆了癌症的<span style="color: black;">归类</span>方式和治疗<span style="color: black;">办法</span>。有专家<span style="color: black;">评估</span>,它是十<span style="color: black;">数年</span>来开创性癌症<span style="color: black;">科研</span>的“巅峰之作”,为<span style="color: black;">将来</span><span style="color: black;">选取</span><span style="color: black;">精细</span>治疗<span style="color: black;">方法</span>、<span style="color: black;">有效</span><span style="color: black;">研发</span>新药<span style="color: black;">供给</span>了“路线图”。<span style="color: black;">那样</span>,这份癌症图谱何以<span style="color: black;">得到</span>如此高的<span style="color: black;">评估</span>呢?】</strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">“泛癌症图谱”</strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;"><span style="color: black;">33种癌症、约1.1万例<span style="color: black;">病人</span></span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;"><span style="color: black;">肿瘤基因测序及分析</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;"><span style="color: black;">十<span style="color: black;">数年</span>来癌症<span style="color: black;">科研</span>的“巅峰之作”</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;"><span style="color: black;">为<span style="color: black;">有效</span><span style="color: black;">研发</span>新药<span style="color: black;">供给</span>了“路线图”</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">癌症<span style="color: black;">科研</span>有了“谷歌地图”</strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">2018年4月5日,美国权威医学杂志《细胞》刊登了该国“癌症基因组图谱<span style="color: black;">科研</span>(The Cancer Genome Atlas)”项目的最新成果——“泛癌症图谱(Pan-Cancer Altas)”。该图谱对33种癌症、11286份肿瘤样本进行了分析,以27篇论文的形式轰炸式<span style="color: black;">发布</span>。</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">癌症基因组图谱<span style="color: black;">科研</span>项目(英文简<span style="color: black;">叫作</span>TCGA),是2006年美国国家人类基因组<span style="color: black;">科研</span>所和美国国家癌症中心联合发起的。TCGA的<span style="color: black;">第1</span><span style="color: black;">周期</span>为试点项目,以肺癌、卵巢癌和胶质母细胞瘤<span style="color: black;">做为</span><span style="color: black;">科研</span>重点。TCGA第二<span style="color: black;">周期</span>计划完成20~25种不同癌型的分析,于2013年截止临床收案,共<span style="color: black;">科研</span>了33种类型的癌症,其中<span style="color: black;">包含</span>10个罕见癌种。这两家牵头<span style="color: black;">公司</span>都隶属于美国国立卫生<span style="color: black;">科研</span>院(NIH)。该项目投入的<span style="color: black;">科研</span>经费多达3亿美元,共有20多家<span style="color: black;">科研</span><span style="color: black;">公司</span>、超过150名<span style="color: black;">研究</span>人员参与其中。累积的信息量为2.5拍字节(“拍字节”即计算机存储单位PB,1PB等于100万GB),<span style="color: black;">倘若</span>用DVD来储存,<span style="color: black;">最少</span><span style="color: black;">必须</span>53万片DVD。基于这些数据和信息的分析,TCGA形<span style="color: black;">成为了</span>“泛癌症图谱”。</span></p><img src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/goMZhNHicAGWLkIGicDKYD71afJx4DjxjUVOLumzL9vy32AM7CDmqgKgfdVLIFrd8t6DF6iaVBCoqPhS0UMDrTg0g/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">“泛癌症图谱”对约1.1万个<span style="color: black;">病人</span>的14.6亿个基因突变进行紧盯,筛查出853个罕见的遗传基因突变。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">泛癌症图谱的内容分为三大类别,<span style="color: black;">每一个</span>类别都以一篇摘要论文为<span style="color: black;">基本</span>,描述该主题的核心结果,主题<span style="color: black;">包含</span>癌细胞<span style="color: black;">源自</span>样式、致癌<span style="color: black;">发展</span>以及致癌讯息传递路径,再<span style="color: black;">经过</span>多份<span style="color: black;">科研</span>报告深入探索这些类别中的各个主题。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">“关于一种癌症<span style="color: black;">怎样</span>与另一种形式的癌症<span style="color: black;">相关</span>的探讨,可能<span style="color: black;">拥有</span>真正的临床<span style="color: black;">道理</span>,”美国加州大学圣克鲁兹分校生物分子工程学教授、泛癌症图谱倡议<span style="color: black;">构成</span>员乔什·斯图亚特说,“在某些<span style="color: black;">状况</span>下,<span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">能够</span><span style="color: black;">认识</span>的<span style="color: black;">疾患</span>中借用临床实践<span style="color: black;">方法</span>,将其应用于治疗<span style="color: black;">方法</span>不明的癌症。”泛癌症图谱是“是迄今为止最全面的跨癌症分析”,为今后更好地收集抗癌<span style="color: black;">药品</span>临床<span style="color: black;">实验</span>数据信息、<span style="color: black;">选取</span><span style="color: black;">精细</span>治疗<span style="color: black;">方法</span>、<span style="color: black;">有效</span><span style="color: black;">研发</span>新药<span style="color: black;">供给</span>了路线图,被<span style="color: black;">叫作</span>为“迄今最全面的跨癌症<span style="color: black;">科研</span>”和“人类癌症<span style="color: black;">科研</span>的谷歌地图”。《细胞》杂志还开辟了一个专门网页,收录这些论文,供<span style="color: black;">全世界</span>学者下载阅读。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">不按长癌部位 <span style="color: black;">以分子特征<span style="color: black;">归类</span></span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">癌变,<span style="color: black;">指的是</span>细胞基因突变后<span style="color: black;">引起</span>细胞不受机体<span style="color: black;">掌控</span>,恶性增殖,<span style="color: black;">最后</span><span style="color: black;">导致</span>恶性肿瘤形成。突变是<span style="color: black;">重要</span>的致癌基因进程之一。90%以上的癌症始于基因突变。从一个小小的基因突变到形成张牙舞爪的癌细胞大军,其中<span style="color: black;">包括</span><span style="color: black;">没</span>数的“分子变化”。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">传统癌症的<span style="color: black;">归类</span>多以患病部位为标准,<span style="color: black;">例如</span>胃癌、肝癌。在癌症的发展过程中,病原体和炎症等<span style="color: black;">引起</span>突变<span style="color: black;">原因</span>,都会影响癌细胞的基因组,这就<span style="color: black;">导致</span>传统<span style="color: black;">归类</span>上的同一种癌症,可能在“分子水平”上<span style="color: black;">拥有</span>很大差异。人体不同部位不同细胞类型的基因组改变,会<span style="color: black;">引起</span>数百种不同形式的癌症。</p><img src="data:image/svg+xml,%3C%3Fxml version=1.0 encoding=UTF-8%3F%3E%3Csvg width=1px height=1px viewBox=0 0 1 1 version=1.1 xmlns=http://www.w3.org/2000/svg xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink%3E%3Ctitle%3E%3C/title%3E%3Cg stroke=none stroke-width=1 fill=none fill-rule=evenodd fill-opacity=0%3E%3Cg transform=translate(-249.000000, -126.000000) fill=%23FFFFFF%3E%3Crect x=249 y=126 width=1 height=1%3E%3C/rect%3E%3C/g%3E%3C/g%3E%3C/svg%3E" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">按照</span>肿瘤细胞和基因<span style="color: black;">构成</span>而非起源部位来分析的33种肿瘤,<span style="color: black;">能够</span>被重新划分为28种不同的分子类型。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">2013年9月,加州大学圣克鲁兹分校的乔什·斯图亚特教授和加州大学旧金山分校的临床肿瘤学家克里斯托弗·本兹等<span style="color: black;">科研</span>人员,完<span style="color: black;">成为了</span><span style="color: black;">第1</span>波跨肿瘤比较。当时,<span style="color: black;">她们</span>分析了TCGA项目<span style="color: black;">供给</span>的12种肿瘤图谱。斯图亚特说:“当<span style="color: black;">咱们</span><span style="color: black;">发掘</span>了不同类型的癌症之间有<span style="color: black;">类似</span>之处时,<span style="color: black;">大众</span><span style="color: black;">期盼</span>能够做一个更全面的分析。”2014年,<span style="color: black;">专家</span>们对肿瘤的分子数据进行统计分析,将肿瘤<span style="color: black;">根据</span>亚型或簇(clusters)进行<span style="color: black;">归类</span>。之后,国际<span style="color: black;">专家</span>团队对TCGA肿瘤数据的完整集合,从“分子水平”的<span style="color: black;">方向</span>详尽分析了致癌突变与基因、蛋白各分子层面的<span style="color: black;">功效</span>,相当于给癌症“重新画像”,让人们能更清楚地“看见”癌症<span style="color: black;">怎样</span>生长。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">从泛癌症图谱的<span style="color: black;">科研</span>结果可知,<span style="color: black;">按照</span>肿瘤细胞和基因<span style="color: black;">构成</span>而非起源部位,被分析的33种肿瘤<span style="color: black;">能够</span>被重新划分为28种不同的分子类型,即不同的亚型或簇。例如,头、颈、肺部、食道、膀胱及子宫颈的鳞状细胞癌,以往<span style="color: black;">按照</span><span style="color: black;">出现</span>部位的不同而分成不同肿瘤,但其实它们都有很强的分子<span style="color: black;">类似</span>性,可划归为一类。<span style="color: black;">另外</span>,胃部、结肠和直肠等部位<span style="color: black;">出现</span>的癌症属同一系统,<span style="color: black;">亦</span><span style="color: black;">拥有</span>分子<span style="color: black;">类似</span>性,<span style="color: black;">亦</span>可划为一类。而肾癌等部分癌症虽在同一器官<span style="color: black;">出现</span>,却可能是截然不同的分子亚型。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">靶向<span style="color: black;">药品</span>可能用错了<span style="color: black;">地区</span>?</strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">科研</span>者估计,<span style="color: black;">倘若</span>以分子特征作为基准,<span style="color: black;">那样</span><span style="color: black;">最少</span>会有1/10的癌症<span style="color: black;">病人</span><span style="color: black;">必须</span>重新<span style="color: black;">归类</span>并采用新的治疗<span style="color: black;">方法</span>。本兹教授指出,基于此,美国FDA<span style="color: black;">准许</span><span style="color: black;">本来</span>用于治疗某一种癌症的特定免疫疗法,可能<span style="color: black;">亦</span>会使其他多种类型的癌症<span style="color: black;">病人</span>受益。<span style="color: black;">按照</span>TCGA的分析,有半数以上的基因突变<span style="color: black;">能够</span><span style="color: black;">运用</span>已获准的“靶向<span style="color: black;">药品</span>”进行针对性治疗,<span style="color: black;">原由</span>是过去这些靶向<span style="color: black;">药品</span>可能“用错了<span style="color: black;">地区</span>”。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA强调,<span style="color: black;">不应</span><span style="color: black;">按照</span>癌症是先在<span style="color: black;">身体</span>哪个部位(例如肺、肠或胸部)<span style="color: black;">发掘</span>、产生来进行治疗,而要看它属哪种分子类型的肿瘤。若<span style="color: black;">病人</span>的肿瘤能<span style="color: black;">首要</span><span style="color: black;">按照</span>基因组和分子<span style="color: black;">构成</span>进行<span style="color: black;">归类</span>,<span style="color: black;">她们</span>将有最好的机会<span style="color: black;">得到</span>最佳的治疗。</p><img src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/goMZhNHicAGWLkIGicDKYD71afJx4DjxjUuPDgia4QUKLulGbxibpWlsJUfkPAHY1M5YHfrnZYJSicia4sJ4bslLyj9w/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">对<span style="color: black;">病人</span>的肿瘤样本进行测序,寻找其基因组学与<span style="color: black;">药品</span>疗效之间的<span style="color: black;">关联</span>性,将<span style="color: black;">帮忙</span><span style="color: black;">大夫</span>设计更好的医疗<span style="color: black;">方法</span>。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">揪出853个罕见遗传基因突变</strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">诱发癌症的基因突变可分为两大类:<span style="color: black;">第1</span>类是从父母方遗传到的生殖细胞系突变;第二类是<span style="color: black;">由于</span>老化、抽烟或其他环境影响所<span style="color: black;">导致</span>的体细胞突变。大<span style="color: black;">都数</span>人<span style="color: black;">病患</span>癌症的<span style="color: black;">原由</span>来自体细胞突变,生殖细胞系突变相对而言并不<span style="color: black;">平常</span>,<span style="color: black;">大概</span>5%~10%的癌症病患<span style="color: black;">拥有</span><span style="color: black;">剧烈</span>家族遗传史。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">找出这些癌症高<span style="color: black;">危害</span>家族,<span style="color: black;">初期</span>进行预防性医疗,是癌症<span style="color: black;">精细</span>预防的新挑战。基于大数据,挖掘癌症遗传<span style="color: black;">危害</span>、绘制癌症遗传<span style="color: black;">危害</span>图谱,是癌症<span style="color: black;">科研</span>的前沿<span style="color: black;">行业</span>和热点方向,<span style="color: black;">况且</span>能够广泛应用于癌症<span style="color: black;">危害</span>筛查、癌症分子预警、癌症<span style="color: black;">精细</span>体检和早诊,是临床辅助决策的<span style="color: black;">要紧</span>基线之一。</p><img src="https://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_jpg/goMZhNHicAGWLkIGicDKYD71afJx4DjxjUjr7JDnPTZ0Rib2hCNXMpGZMdEJlrXdsTysEDnxzPS9icr30M2YJTibyRg/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">十余年来,基因测序技术飞速发展对癌症<span style="color: black;">科研</span>发挥了<span style="color: black;">要紧</span><span style="color: black;">功效</span>。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">TCGA展现了“迄今最全面的癌症遗传<span style="color: black;">危害</span>图谱<span style="color: black;">科研</span>”:对<span style="color: black;">没</span>数肿瘤基因组的DNA、染色体和RNA进行编目,与相应的正常细胞基因组相比,并分析它们的表观遗传和蛋白质结果,<span style="color: black;">从而</span><span style="color: black;">发掘</span>人体细胞DNA、RNA、蛋白质和表观遗传水平上的“分子畸变”。该项目对约1.1万个<span style="color: black;">病人</span>的14.6亿个基因突变进行鉴定,<span style="color: black;">最后</span><span style="color: black;">发掘</span>其中有853个罕见的遗传基因突变,这些突变会<span style="color: black;">引起</span>癌症<span style="color: black;">出现</span>、发展,在多种癌症中很<span style="color: black;">平常</span>。</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">这些<span style="color: black;">发掘</span>有助于解释<span style="color: black;">有些</span>癌症的遗传性,为遗传变异<span style="color: black;">归类</span>和检测等下游<span style="color: black;">科研</span>奠定了<span style="color: black;">基本</span>。该<span style="color: black;">科研</span>由美国圣刘易斯华盛顿大学、哈佛大学-麻省理工学院Broad<span style="color: black;">科研</span>所、贝勒医学院、梅奥临床医学院和西安交通大学等13家<span style="color: black;">科研</span><span style="color: black;">公司</span>历时近3年合作完成。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">和遗传基因<span style="color: black;">关联</span>的癌症<span style="color: black;">包含</span>:卵巢癌、胃癌、乳癌、前列腺癌、神经胶质瘤、头颈部肿瘤、子宫内膜癌、肾癌、多型性神经胶质母细胞瘤等。<span style="color: black;">科研</span>人员圣刘易斯华盛顿大学的医学副教授丁莉(音译)<span style="color: black;">暗示</span>,<span style="color: black;">经过</span>对上万个肿瘤样本的分析,<span style="color: black;">科研</span>人员从细节上<span style="color: black;">认识</span>了<span style="color: black;">那些</span>遗传性突变会驱动癌症,并认识到随年龄增长而<span style="color: black;">持续</span><span style="color: black;">累积</span>的基因错误,使肿瘤形<span style="color: black;">成为了</span>特定的分子特征,<span style="color: black;">此刻</span><span style="color: black;">能够</span>利用癌症的分子特征揪出致癌细胞。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">丁莉<span style="color: black;">暗示</span>,<span style="color: black;">初期</span>大<span style="color: black;">都数</span>临床<span style="color: black;">实验</span>的设计并<span style="color: black;">无</span><span style="color: black;">思虑</span>到基因组学,<span style="color: black;">此刻</span><span style="color: black;">能够</span>对<span style="color: black;">病人</span>的肿瘤样本进行测序,寻找其基因组学与<span style="color: black;">药品</span>疗效之间的<span style="color: black;">关联</span>性,这将<span style="color: black;">帮忙</span><span style="color: black;">大夫</span>设计更好的医疗<span style="color: black;">方法</span>。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA指出,针对肿瘤组织旁边的健康组织进行测序,<span style="color: black;">针对</span>优化治疗非常<span style="color: black;">要紧</span>;还<span style="color: black;">能够</span>针对不同基因特性,在临床上<span style="color: black;">经过</span>预防性检测、标靶治疗<span style="color: black;">乃至</span>预后监测(在医学上,“预后”<span style="color: black;">指的是</span><span style="color: black;">按照</span>经验预测<span style="color: black;">疾患</span>发展<span style="color: black;">状况</span>)等不同方式,预防或治疗癌症。</p><img src="data:image/svg+xml,%3C%3Fxml version=1.0 encoding=UTF-8%3F%3E%3Csvg width=1px height=1px viewBox=0 0 1 1 version=1.1 xmlns=http://www.w3.org/2000/svg xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink%3E%3Ctitle%3E%3C/title%3E%3Cg stroke=none stroke-width=1 fill=none fill-rule=evenodd fill-opacity=0%3E%3Cg transform=translate(-249.000000, -126.000000) fill=%23FFFFFF%3E%3Crect x=249 y=126 width=1 height=1%3E%3C/rect%3E%3C/g%3E%3C/g%3E%3C/svg%3E" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">泛癌症图谱为<span style="color: black;">将来</span><span style="color: black;">选取</span><span style="color: black;">精细</span>治疗<span style="color: black;">方法</span>、<span style="color: black;">有效</span><span style="color: black;">研发</span>新药<span style="color: black;">供给</span>了“路线图”。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">“安吉丽娜·朱莉基因”突变<span style="color: black;">会<span style="color: black;">诱发</span><span style="color: black;">那些</span>癌症?</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">“泛癌症图谱”还加深了<span style="color: black;">针对</span>某些基因突变的<span style="color: black;">科研</span>。<span style="color: black;">例如</span>,BRCA1和BRCA2是两种<span style="color: black;">拥有</span>免疫<span style="color: black;">功效</span>的基因,一旦<span style="color: black;">显现</span>突变就可能<span style="color: black;">引起</span>乳腺癌或卵巢癌,这在以往的<span style="color: black;">科研</span>中<span style="color: black;">已然</span>得到确认。国际知名影星安吉丽娜·朱莉<span style="color: black;">便是</span><span style="color: black;">由于</span>查出有BRCA1突变,并且有乳腺癌家族史,<span style="color: black;">因此</span>才采取了预防性的双乳切除术。“BRCA1”和“BRCA2”两种跟乳癌或卵巢癌<span style="color: black;">相关</span>的基因,<span style="color: black;">亦</span><span style="color: black;">因此呢</span>被外界<span style="color: black;">叫作</span>为“安吉丽娜·朱莉基因”。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">可是人们并不清楚BRCA1和BRCA2的<span style="color: black;">那些</span>突变是<span style="color: black;">没</span>害的,<span style="color: black;">那些</span>会<span style="color: black;">诱发</span>何种癌症。泛癌症图谱<span style="color: black;">发掘</span>,BRCA1和BRCA2有21种突变可能<span style="color: black;">导致</span>乳腺癌,3种突变可能<span style="color: black;">引起</span>宫颈癌,1种突变可能<span style="color: black;">导致</span>直肠癌,还有1种突变可能<span style="color: black;">导致</span>恶性胶质瘤,38种突变可能<span style="color: black;">导致</span>卵巢癌。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">样本采集是<span style="color: black;">重要</span> <span style="color: black;">形成基因鉴定流程</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA还强调了一个问题——样品的<span style="color: black;">得到</span>,这<span style="color: black;">亦</span>是<span style="color: black;">科研</span>中最大的财政<span style="color: black;">包袱</span>。TCGA最初<span style="color: black;">仅有</span>3个实验性项目,收集的数据不足以在基因分子水平上给各类癌症“画像”并分析其机理。十余年来基因测序技术飞速发展对癌症<span style="color: black;">科研</span>发挥了<span style="color: black;">要紧</span><span style="color: black;">功效</span>,然而找到合适的<span style="color: black;">办法</span>采集样本、提取分子<span style="color: black;">科研</span>物和进行分子鉴定,仍是癌症基因<span style="color: black;">科研</span>的<span style="color: black;">重要</span>所在,这是所有后续<span style="color: black;">科研</span>的<span style="color: black;">基本</span>,难度最大,成本<span style="color: black;">亦</span>最高。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">经<span style="color: black;">太多</span>年实验,TCGA形<span style="color: black;">成为了</span>一套基因鉴定流程,这套流程被美国癌症基因中心广泛用于<span style="color: black;">各样</span>癌症基因<span style="color: black;">科研</span>项目,将病患<span style="color: black;">供给</span>的癌症组织样本加工成可供今后<span style="color: black;">数年</span><span style="color: black;">研究</span><span style="color: black;">运用</span>的数据。</p><img src="data:image/svg+xml,%3C%3Fxml version=1.0 encoding=UTF-8%3F%3E%3Csvg width=1px height=1px viewBox=0 0 1 1 version=1.1 xmlns=http://www.w3.org/2000/svg xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink%3E%3Ctitle%3E%3C/title%3E%3Cg stroke=none stroke-width=1 fill=none fill-rule=evenodd fill-opacity=0%3E%3Cg transform=translate(-249.000000, -126.000000) fill=%23FFFFFF%3E%3Crect x=249 y=126 width=1 height=1%3E%3C/rect%3E%3C/g%3E%3C/g%3E%3C/svg%3E" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">样品的<span style="color: black;">得到</span>是“泛癌症图谱”<span style="color: black;">科研</span>中最大的财政<span style="color: black;">包袱</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA生物标本核心资源项目的负责人罗伊·塔努泽博士<span style="color: black;">暗示</span>,“<span style="color: black;">仅有</span>样本及其临床指标合格,其他<span style="color: black;">科研</span>才有可能合格。在开展<span style="color: black;">科研</span>之前,先要搞清楚<span style="color: black;">必须</span>什么样的标本和临床数据。”<span style="color: black;">例如</span>,<span style="color: black;">科研</span>肿瘤对化疗的反应,就要<span style="color: black;">晓得</span>化疗的时间和剂量;<span style="color: black;">科研</span>相邻的正常组织,就要弄清肿瘤与正常组织之间的距离有多远。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">在TCGA刚<span style="color: black;">起步</span>时,<span style="color: black;">科研</span>的<span style="color: black;">重点</span>目的仅局限于绘制癌症基因突变的图谱,<span style="color: black;">因此</span>只<span style="color: black;">必须</span>收集为数较少的<span style="color: black;">基本</span>数据;而<span style="color: black;">日前</span>的<span style="color: black;">科研</span>将癌症基因突变与临床结果相联系,<span style="color: black;">必须</span>采集的临床数据<span style="color: black;">已然</span>超过125项,<span style="color: black;">况且</span>要<span style="color: black;">按照</span>统一标准进行采集。开展大规模的基因<span style="color: black;">科研</span>总会遇到波动和偏差。即便像TCGA<span style="color: black;">这般</span><span style="color: black;">已然</span>开展了十余年<span style="color: black;">科研</span>,其样本采集流程<span style="color: black;">迄今</span>依然在<span style="color: black;">持续</span>完善。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">TCGA大规模搜集特定癌症病患的信息数据,并在其官网公开了定序数据与分析结果,供<span style="color: black;">大众</span>浏览及下载,目的是打造完整的癌症基因组信息,有助于人类癌症的预防、诊断与治疗。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><strong style="color: blue;">云技术为所有<span style="color: black;">专家</span><span style="color: black;"><span style="color: black;">供给</span>平台</span></strong></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">从海量的基因数据中分析出有效的防癌治癌信息,<span style="color: black;">没</span>异于大海捞针。如今,<span style="color: black;">全世界</span>的基因数据正以每年1泽字节(相当于1万亿GB,<span style="color: black;">或</span>约2500亿张DVD的容量)的速度增长。癌症基因<span style="color: black;">科研</span>注定与大数据密不可分。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">将癌症基因数据与<span style="color: black;">病人</span>的其他数据结合起来,如表观基因组、蛋白质组、影像分析、治疗结果、病例人口分布等,再进行分析,<span style="color: black;">没</span>疑会使<span style="color: black;">科研</span>人员对癌症的认识更深入、全面。可问题是,随着<span style="color: black;">海量</span>数据产生,对其有效加以利用的难度<span style="color: black;">亦</span>越来越大。<span style="color: black;">怎样</span>解释不同<span style="color: black;">科研</span>得出的数据?<span style="color: black;">怎样</span>使不同格式的数据兼容?对研究者<span style="color: black;">来讲</span>,若<span style="color: black;">不可</span>很好地<span style="color: black;">处理</span>这些问题,<span style="color: black;">那样</span><span style="color: black;">没</span>数的基因图谱终将变成一座座寻不到出口的迷宫,而非指明方向的“谷歌地图”。</p><img src="data:image/svg+xml,%3C%3Fxml version=1.0 encoding=UTF-8%3F%3E%3Csvg width=1px height=1px viewBox=0 0 1 1 version=1.1 xmlns=http://www.w3.org/2000/svg xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink%3E%3Ctitle%3E%3C/title%3E%3Cg stroke=none stroke-width=1 fill=none fill-rule=evenodd fill-opacity=0%3E%3Cg transform=translate(-249.000000, -126.000000) fill=%23FFFFFF%3E%3Crect x=249 y=126 width=1 height=1%3E%3C/rect%3E%3C/g%3E%3C/g%3E%3C/svg%3E" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">基于大数据,挖掘癌症遗传<span style="color: black;">危害</span>、绘制癌症遗传<span style="color: black;">危害</span>图谱,是癌症<span style="color: black;">科研</span>的热点方向。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">2016年,美国国家癌症<span style="color: black;">科研</span>所发起了基因数据<span style="color: black;">一起</span>体项目以及<span style="color: black;">另一</span>3个癌症基因云项目,制订了一套标准化的基因数据提交程序,以<span style="color: black;">保证</span>数据合格、统一格式,并<span style="color: black;">保准</span>数据<span style="color: black;">能够</span>安全<span style="color: black;">得到</span>。3个基因云项目则与谷歌和亚马逊的商用云平台合作,使癌症基因数据的下载快速<span style="color: black;">方便</span>,又大大降低了数据的<span style="color: black;">运用</span>成本。云技术除了让<span style="color: black;">科研</span>者<span style="color: black;">能够</span>利用平台上现有的尖端分析流程,还让<span style="color: black;">她们</span>能将自己<span style="color: black;">开发</span>的<span style="color: black;">科研</span><span style="color: black;">工具</span>上传到云平台上。在癌症基因云项目开展不到一年的时间里,就有美、澳、法、印等多国<span style="color: black;">科研</span>人员上传了数据。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">人类已知癌症<span style="color: black;">已然</span>超过200种,但<span style="color: black;">日前</span>对它们的认知还只是冰山一角,<span style="color: black;">专家</span>相信,凭借人类的勇气、智慧和不懈的<span style="color: black;">奋斗</span>,癌症<span style="color: black;">隐匿</span>的<span style="color: black;">奥密</span>迟早会被一一揭开。</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;">本刊原创,如<span style="color: black;">必须</span>转载,请联系《环境与生活》杂志</p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">责编 | 叶晓婷</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">网辑 | 吴燕芳 崔悦</span></p><img src="data:image/svg+xml,%3C%3Fxml version=1.0 encoding=UTF-8%3F%3E%3Csvg width=1px height=1px viewBox=0 0 1 1 version=1.1 xmlns=http://www.w3.org/2000/svg xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink%3E%3Ctitle%3E%3C/title%3E%3Cg stroke=none stroke-width=1 fill=none fill-rule=evenodd fill-opacity=0%3E%3Cg transform=translate(-249.000000, -126.000000) fill=%23FFFFFF%3E%3Crect x=249 y=126 width=1 height=1%3E%3C/rect%3E%3C/g%3E%3C/g%3E%3C/svg%3E" style="width: 50%; margin-bottom: 20px;">
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<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;"><span style="color: black;">博客</span>:@环境与生活杂志</span></p>
<p style="font-size: 16px; color: black; line-height: 40px; text-align: left; margin-bottom: 15px;"><span style="color: black;">今日头条/腾讯//网易号/<span style="color: black;">外链论坛:http://www.fok120.com/</span>/大鱼号/一点号/红板报:环境与生活</span></p>
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